近日，Plant Biotechnology Journal在線發(fā)表了南京農業(yè)大學梨課題組題為“Development of an integrated 200K SNP genotyping array and application for genetic mapping，genome assembly improvement and GWAS in pear （Pyrus）”的研究論文，在梨的基因分型芯片開發(fā)和應用上取得了新進展。

　　盡管目前基于測序技術開發(fā)分子標記的技術已經十分成熟，但是對大量的群體進行高通量數(shù)據(jù)分析和標記挖掘仍然十分耗時、昂貴并具有挑戰(zhàn)性，尤其是對具有高雜合基因組特征的多年生果樹來說，分析效率比較低。SNP芯片作為當前*為流行的一款分型工具，具有快速、*、價廉等優(yōu)勢，可以應用于大批量品種資源的快速分型，極大提高分型的準確度、縮短分型時間，已被廣泛應用于植物全基因組分型、QTL定位、全基因組關聯(lián)分析和基因組選擇等研究中。

　　為了在梨上開發(fā)一款高多態(tài)性、且基因組覆蓋度廣的分型芯片，本研究利用代表性梨品種資源（包括亞洲梨野生與栽培種、西洋梨栽培和野生種）的重測序數(shù)據(jù)，作為原始的標記來源開發(fā)設計了梨的200K芯片，利用該芯片對188個梨品種資源和98個雜交群體后代進行分型，統(tǒng)計結果表明分型率達到95%以上、可重復率達到99.4%，證明了該芯片的高質量與應用價值。

　　利用該芯片進一步開展了梨種質資源群體遺傳結構的評估、高密度遺傳圖譜的構建以及亞洲梨基因組組裝的優(yōu)化和重要果實性狀的全基因組關聯(lián)分析（GWAS）。其中，利用芯片構建的高密度遺傳圖譜（平均間距0.46cM）將“碭山酥梨”的基因組染色體錨定比率提高到81.4%。

　　同時，GWAS分析鑒定到了與梨早花和果核大小相關的重要SNP位點，并在其連鎖區(qū)間內鑒定到了與性狀相關的重要候選基因Lhcb8、P450等。綜合以上應用分析，該SNP芯片因包含了具有代表性的梨品種資源高度多態(tài)性位點，不僅適用于亞洲和西洋梨，也適用于栽培和野生種，將為開展更廣泛的梨資源評價、遺傳圖譜構建、QTL定位、基因組選擇和分子輔助育種提供省時、高效、準確的基因分型工具。

　　該研究以博士生李曉龍為*作者，南京農業(yè)大學吳俊教授和張紹鈴教授為共同通訊作者，課題組秦夢帆、李思維、張詢、張明月等研究生參與了課題研究，美國康奈爾大學Awais Khan和Jugpreet Singh博士為該研究的合作作者。本研究得到了國家杰出青年科學基金、國家梨產業(yè)技術體系、江蘇省特聘教授和“333”高層次人才計劃的資助。

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